La parete sud è ricca di alcuni brani intensissimi e problematici, quali il patetico Compianto sul Cristo deposto tra i santi Rocco e Sebastiano, il Cristo flagellato e la figura isolata di San Rocco, opere tutte del primo Cinquecento, di alta qualità pittorica, per le quali dagli studiosi furono proposti i nomi di Vincenzo Civerchio (l’ascrizione più ricorrente), di Girolamo Romanino, di Francesco Prata da Caravaggio, e, recentemente, del Moretto giovane, con proposte anche al Bramantino, al Boccaccino e ad Altobello Melone.

In tutti gli innumerevoli affreschi votivi che ricoprono i muri della chiesa, si scorgono stili e tendenze diverse, con salti evidenti di qualità, ma prevalentemente legati alla cultura della città e del contado. Raccontano, con varietà d’accenti, di raccolte devozioni private, di miracoli implorati ed ottenuti, dai singoli e dalla comunità, come quell’affresco che orna la parete sinistra
del presbiterio, con i Santi Girolamo, Tommaso vescovo e Antonio da Padova, quest’ultimo in atto di allontanare dei soldati armati, sotto cui campeggia la scritta MARANI E TODESCHI, cioè spagnoli e tedeschi, invasori temibili quando calarono sulla città nel 1516, probabilmente non risparmiando nemmeno il contado di Nave, che certamente non poteva vantare una posizione appartata e fuori dagli avvenimenti.

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